自由軟體支持者向來反對軟體專利 (software patent),但現實上專利制度並無法輕易被改變,導致開發者在運用自由軟體的過程中面對了 FUD (fear, uncertainty, doubt) 的不安。所以近年許多新改版的自由軟體授權條款常會一併要求程式碼授權人同時授權其專利,例如 GPL 第 3 版的序言及第 11 條中就說明,任何寫入 GPL 程式的軟體專利必須以允許他人自由使用為前提,否則就不應寫入 GPL 專案裡;但是如果專利權人根本就未將其專利依相關條款授權,專利侵權的魅影將無所不在。